Osídlení celé lokality je velmi staré. Nejstarší předměty jsou štípanou industrií, k pozdějším patří kamenné sekerky ale i mlýny na obilí, další nálezy ukazují na lid vypíchané keramiky. Hroty šípů jsou z doby asi 2 500 př. n. l. Pět osad pocházelo z kultury knovízské (mladší doba bronzová) a počtem 72 hrobů je toto pohřebiště druhé největší v knovízské kultuře u nás. Další osady jsou z kultury únětické. Významné nálezy keltských pecí a kovárny z laténské doby, které sloužily k výrobě železa, potvrzují, že území bylo trvale osídleno. V roce 1969 bylo odkryto 19 železářských redukčních pecí, což představuje nejhustější nahromadění - jakési laténské železářské hutě. Nalezla se i keramika a zbytky pece na chleba.

            Pojmenování Mšec, je nejspíše od slova mech, v latině missa.

První písemné zprávy pocházejí z let 1316 - 1318, kdy je připomínán vladyka Dcheř ze Mšece a jeho dcera Zdenka. Mšec nese také  pojmenování Cernhaus (Kornhaus, Kornouz apod.), podle označení dalšího známého  majitele. Tím byl Albrecht z Kolovrat, velitel křídla vojska Karla IV. Podle ozdoby na helmě měl přezdívku cerneus - roháč. Mšec dostal  Albrecht z Kolovrat za služby králi. V roce 1361 tu nechal vystavět  hrad Kornhaus. Ze dvou Albrechtových synů Mšec zdědil Albrecht, který se píše Kornhauský. Právě on se přidal k nepokojnému Markvartovi z Wartenberka, který podněcuje proti králi. Proto podle místních pověstí byl hrad na rozkaz krále Václava IV. (nejspíše roku 1388) pobořen. Název Kornhaus se používal ještě pět set let. V roce 1369 je připomínán i druhý syn, Mikeš z Kolovrat, který později panství zdědil a předal synům. Panství zdědil Jan, který se žení se Škonkou ze Žerotína a jejich dcera Eliška je provdána za proslulého hejtmana strany Táborské - Jana Roháče z Dubé. Jan Kolovrat z Kornhausu spravuje Mšec v letech 1456 - 1474 a panství předává synu Zbyňkovi. Díky špatnému hospodaření je mšecký statek prodán purkrabímu z Karlštejna Mikuláši Žerotínskému z Kolovrat, který se od roku 1506 píše z Kornhausu. Po jeho smrti přechází majetek na nezletilého syna, a tak má Mšec od roku 1510 správce Jiřího Buštěhradského z Kolovrat, který působí i jako nejvyšší sudí.

V roce 1548 byla Mšec povýšena na městečko. Znakem se stal zlatý snop v modrém poli. Od poloviny 16. století patřila Mšec do majetku Bezdružických (Ludvík Bezdružický byl synovcem Dětřicha z Kolovrat, dalšího z majitelů). V té době k zámku patří pivovar a sladovna, 11 rybníků a deset vsí. Zadlužené panství od Jana a Zdislava Bezdružických kupuje roku 1569 Bedřich Míčanský z Klinštejna a Roztok na Žehrovicích.

V roce 1586 koupil panství Matyáš Štampach ze Štampachu, hejtman slánského kraje a císařský rada, který vystavěl zámek a školu. Výhodným sňatkem s vdovou  Evou Hruškovou z Března, rozenou Reichlovou z Reichu, zdejší panství rozšířil o Srbeč a Hřivčice. Druhou manželkou je Barbora  rozená Hasenšteinská z Lobkovic. Panství se rozrůstá o Kalivody (1596), Přerubenice (1597) a  Mašlov (1613). Matyáš Štampach se ve Mšeci usazuje, proto nechává opravit zámek, zřizuje bažantnici, chmelnice, staví školu i vodovod, mlýn i hostinec, cihelnu i pilu. Protože není přímý potomek, jmění Matyáš Štampach odkázal synovci Janu Reichartovi ze Štampachu, který po bitvě na Bílé hoře musel Čechy opustit. Zabavený majetek byl postoupen hraběti z Fürstenberka, císař si ponechává právo myslivosti. Po smrti Vratislava z Fürstenberka se jeho vdova Lavie podruhé provdá, manželem je Ota Bedřich z Harrachu a po její smrti si na mšecké panství dělají nárok oba rody - Harrachové i Fürstenberkové. Proto dcera, Marie Eleonora, panství prodala roku 1662 hraběti Janu Adolfovi ze Schwarzenberka.  V soupisu majetku z roku 1681 se jako mšecké panství uvádí 13 vsí, 5 dvorů, 11 mlýnů, 27 rybníků, 4 kostely, 7 krčem. Schwarzenberkové jsou posledními majiteli panství. V roce 1811 zakládají knížecí špitál, který ale záhy vyhořel, 1825 vzniká panský chudobinec, ve kterém v roce 1842 žilo 8 lidí. V roce 1849 je nejvyšším číslem popisným č. 79. Ke konci 19. století měla Mšec 1 209 obyvatel a 176 domů. Uživilo se zde sedm hostinců ( Na Drahách, U Zeleného stromu, U Zeleného věnce, U České koruny, U Českého lva, U Modré hvězdy a Na Knížecí).

V roce 1867 byla do Mšece zavedena pošta a v roce 1869 byl zřízen poštovní úřad. Nové Strašecí a Mšec byly telegrafem propojeny od roku 1893.  V letech 1883 - 84 byla postavena silnice do Nového Strašecí a v roce 1985 bylo vybudováno osvětlení, ke kterému se použilo 14 svítilen. V roce 1901 vznikla nová silnice do Třtice

 Podle statistických údajů z roku 1991 žilo ve Mšeci 802 obyvatel a stálo zde 321 domů, z toho 244  trvale obydlených. 273 staveb jsou rodinné domky.

Obci Mšec byl 10. 10 2006 navrácen díky novelizaci zákona statut městyse (žádost podaná 31. 8. 2005), který používala do roku 1954. Předání dekretu proběhlo 17. 10. 2006 v Poslanecké sněmovně Parlamentu České republiky z rukou Ing. Miroslava Vlčka.